刚好最近也在玩这游戏，遇到了相同的问题，希望能帮到你。
Duckstation模拟器记忆卡默认类型为“每个游戏独立记忆卡”，切换光盘后，模拟器会生成以第二张光盘标题（或编码）为名字的新记忆卡文件，因为是新生成的记忆卡，里面不会有任何游戏记录，系统在读档时是无法找到游戏记录继续游戏的。
具体解决方法：游戏在进行到需要切换光盘时，会自动提示你存档。这时先不要急着存档，在Duckstation模拟器设置中将“记忆卡2”（这里以记忆卡2为例说明）的类型更改为“所有游戏共用记忆卡”，然后返回游戏，进行存档，存档选择存储在接口2（也就是记忆卡2）。保存完成后，在模拟器界面中点击“启动光盘”按钮，选择你的第二张游戏光盘镜像启动游戏，进入游戏初始界面后，再次进入模拟器设置中，将“记忆卡2”类型更改为“所有游戏共用记忆卡”，然后选择“共用记忆卡路径”右方的“浏览”按扭，在\DuckStation\memcards 路径下找到刚才存档后生成的共用记忆卡文件（通常命名为“shared_card_2.mcd”），点击“打开”加载记忆卡文件。返回游戏初始界面，进入读档（Load Game），选择接口2，即可找到你第一张盘结束时的存档了。加载后即可继续游戏了。

另外多说两句，当年PS实体机的玩家应该都是多款游戏共用一张记忆卡，记忆卡容量存满了才会考虑要不要买新的记忆卡，毕竟记忆卡这东西是要花钱的。现在用Duckstation可以创建任意多的记忆卡，再不用担心记忆卡容量不够，但是玩这种多光盘的游戏时，也会给不熟悉模拟器的玩家造成困扰，找不到存档，发生当年基本不会出现的问题，科技的进步有时真的是一把“双刃剑”。